在中国几千年的种养结合的农业模式下，畜禽粪便通过家畜-粪便积肥-土壤-作物-饲料完成了循环，并未产生严重的环境问题。畜禽养殖业的污染是在人口快速增长，对畜产品数量和质量需求都增加的社会经济条件下出现的问题。中国农业大学教授李季对其主要原因进行了分析，提出畜牧生产规模大、区域集中、距离农田远、运输成本高、产生的粪便不能以资源的形式投入到农业生态系统中，造成生态系统循环受到了严重破坏，从而使畜禽粪便成为环境公害。

　　农牧业严重脱节使畜禽粪便得不到充分利用

　　近几年来，随着农村产业结构的调整，畜牧业得到了迅速的发展。但是由于其经营方式、饲养规模和区域布局的重大变化，造成了区域化、专业化、城郊化、规模化的发展趋势，最终使得农牧脱节，畜禽粪便脱离农业生态系统，由“肥料”转变成生态环境的“废物”。

　　以前的畜牧业为农户散养，作为副业进行生产，畜禽废弃物作为肥料被就地消纳，对环境的压力很小，李季说。但是现在的畜禽养殖业社会化、规模化的程度越来越高，单位土地面积的载畜量也越来越大。出现了养殖的不种地，畜禽粪便不能当作肥料；种地的不再从事养殖，农田靠化肥。再者，农业上使用肥料的季节性与集约化畜禽生产排泄物的集中性存在矛盾，导致非耕作季节畜禽粪便被积压，产生了严重的环境污染。

　　畜禽饲料的利用率低　对饲料中微量元素污染重视程度不够

　　氮、磷是畜禽排泄物中最主要的污染源。饲料中50%~70%的N和70％的P以粪尿方式排出体外，既浪费了资源又污染了环境。

　　此外，李季提出，微量元素的污染也不容忽视。传统的饲料使过多未被吸收利用的微量元素通过粪便排出体外，其会产生各种潜在的生物学负效应，而且畜禽产品品质的改变及间接通过食物链危害人类健康的问题也应受到关注。

　　我国畜禽粪便处理技术落后　缺乏有效管理

　　目前采用的畜禽粪便处理利用方法有：发酵法、畜禽粪尿沤制产沼气法、堆制还田法和各种干燥法。以上方法尽管利用部分畜禽粪尿，不同程度地减轻了养殖业带来的环境污染，但没有从根本上实现畜禽粪尿的无害化和资源化，李季说。

　　他还提出，我国目前对畜禽粪便缺乏有效管理。许多地方的农业部门都把发展畜牧业作为调整农业产业结构的大事抓，但对畜禽养殖场造成的污染重视程度不够。同样，环保部门的污染源的管理工作是针对工业污染源，无论是“三同时”制度，还是排污许可证制度均未对畜禽废弃物污染给予足够重视。另外，由于畜禽养殖业污染防治涉及农业、畜牧、环保、卫生等多个部门，对畜禽养殖场的设施运行监管力度很弱。